Đại Việt Sử ký Toàn thư đã phê phán gay gắt sự trị vì của Lê Chiêu Tông:[1]

Thời Chiêu Tông là thời kỳ nhiều biến động, rối ren nhất trong thời Lê sơ. Ngoài các cuộc khởi nghĩa liên tiếp nổ ra của nông dân, bạo loạn của các tướng địa phương, còn có các cuộc thanh trừng, sát phạt giữa các đại thần trong và ngoài triều dẫn đến cảnh hỗn loạn khắp Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ nước Đại Việt lúc đó. Tuy nhiên, sẽ không thật khách quan nếu quy hoàn toàn trách nhiệm cho vị vua thiếu niên này.

Lê Thái Tông trước đây cũng lên ngôi năm 11 tuổi và cũng phải đối phó với những quyền thần như Lê Sát, Lê Ngân. Nhưng khi đó cơ nghiệp do Lê Thái Tổ để lại còn vững, chính sự nhà Lê đi vào ổn định, trong triều vẫn có nhiều lương thần phù trợ và đặc biệt là không có biến động trong đời sống xã hội, cuộc sống của nhân dân được đảm bảo, do đó ngôi vua của Thái Tông được duy trì. Tới thời Chiêu Tông, lương thần thì ít mà gian thần đã quá nhiều. Sự đổ nát của chính sự nhà Lê thực ra đã bắt đầu từ thời các vua quỷ Uy Mục và vua lợn Tương Dực. Phần lớn các cuộc khởi nghĩa, bạo loạn đã bùng phát từ thời hai vua này, trước khi Chiêu Tông lên ngôi. Nhà Lê đổ nát tới mức khi quân khởi nghĩa Trần Cảo vào kinh, thái sư đầu triều Lê Quảng Độ lập tức theo hàng, vì ông hiểu rằng Chiêu Tông hay Lê Doanh cũng chỉ là những con bài chính trị trong tay các quyền thần thuộc các thế tộc họ Trịnh và họ Nguyễn. Chính sự suy đồi của nhà Lê khiến những người như Trần Cảo rắp tâm xưng hiệu không còn nể sợ "mệnh trời".

Nhà Lê dường như luôn bị họ Trần ám ảnh trên vũ đài chính trị. Trước kia Lê Thái Tổ giết vua (trên danh nghĩa) Trần Cảo và sau đó giết công thần Trần Nguyên Hãn để tuyệt lòng nhớ tiếc của thiên hạ với nhà Trần. Tới vua Chiêu Tông lại dồn sức diệt một Trần Cảo khác và ngay lập tức trừ khử công thần Trần Chân. Có lẽ ông không ngờ rằng bụng dạ của các tướng không mang họ Trần mới thật khó lường.

Mỗi bước đi của các quan văn, võ đều đầy toan tính, tráo trở: Mạc Đăng Dung kết thông gia với Trần Chân khi Chân đắc thế, nhưng khi cùng Chân đánh Nguyễn Hoằng Dụ lại ngầm thả cho Dụ đi để tranh thủ Dụ làm cái thế chân kiềng; Nguyễn Hoằng Dụ do dự khi phát quân cứu vua; Trịnh Tuy vừa so gươm với triều đình, hôm sau lại đến xin làm quân cần vương. Không riêng Chiêu Tông, các hoàng đế thiếu niên khác được lập khi đó như Lê Doanh, Lê Bảng, Lê Do, Quang Trị... đều nằm trong mục đích "dễ kiềm toả" của các quyền thần để họ thực hiện ý đồ của Vương Mãng, Đổng Trác trong lịch sử Trung Quốc.Trong cảnh loạn lạc đó, Chiêu Tông đã không đủ sáng suốt để cứu vãn tình hình. Lúc Trần Chân đại phá được Trần Cảo, tình hình đã tạm yên, Cảo phải bỏ ngôi đi tu thoát thân, Nguyễn Hoằng Dụ và Trịnh Tuy phải "nín hơi lặng tiếng", Mạc Đăng Dung chưa có cơ hội "nổi đình đám". Việc ông vội vã sát hại Trần Chân bị các sử gia coi là sai lầm, ví như Lý Cao Tông giết Phạm Bỉnh Di, Trần Giản Định Đế giết Đặng Tất - tự cắt chân tay khi đại cuộc chưa định. Đó là sai lầm đầu tiên của một hoàng đế mới 13 tuổi (1518) vừa trải qua cơn binh hỏa, phải liên tục "di giá" sau khi lên ngôi. Sau đó, khi thoát khỏi tay Mạc Đăng Dung, Chiêu Tông đã có sự hậu thuẫn mạnh mẽ của các tướng ở Bắc Bộ khiến uy thế của Đăng Dung chao đảo, thì ông lại tin theo, dựa vào Trịnh Tuy, một kẻ từng là phản thần của triều đình, từng công khai chống lại ông, khiến lòng người chia lìa. Giả sử lúc đó Chiêu Tông giết Tuy với tội danh như giết phản thần Trịnh Duy Đại trước đây khiến các cánh quân cần vương không bị giải tán thì Mạc Đăng Dung khó mà thay đổi được cục diện nhanh đến như vậy. Đó là sai lầm lớn thứ hai của Chiêu Tông, lúc đó đã 17 tuổi, có 6 năm trải nghiệm trên ngai vàng thời loạn và lần này thì không thể chuộc lại.

Sau khi Lê Chiêu Tông thất bại, cơ nghiệp nhà Lê coi như đã không còn, vì vua em Cung Hoàng vốn đã chỉ là con bài trong tay họ Mạc từ khi được đưa lên ngai.